Nato a Bad Aussee (Austria) nel 1944.

ebutta come attore nel '62 e al cinema dieci anni più tardi. Riscuote grande successo internazionale con Mephisto di Istvan Szabò. Nel 1981 gli vale un premio al festival di Cannes. Diretto dal regista ungherese, Brandauer è negli anni seguenti protagonista di altre pellicole come Il Colonnello Redl e Hanussen.

Grazie alla sua interpretazione in La mia Africa, nel 1986 ottiene una candidatura all'Oscar come attore non protagonista e vince il Golden Globe. Nel 1988 con Bruciane segreto vince il Bavarian Film Award. La sua fulgida carriera prosegue nel 1983 con Mai dire mai, La notte dei maghi, Casa Russia, Zanna Bianca (1991).

Anche in Italia, grazie allo sceneggiato televisivo Quo vadis? riscuote i favori del pubblico. Nel 1994 cura la regia del film Mario and the Magician. Nel '98 è uno dei protagonisti televisivi di Geremia il profeta per la regia di Harry Winer. Ha in cantiere la sua seconda esperienza come regista: Die Wand.